Tarihi ticaret ve kervan yollarının (Kral Yolu – Hac, Kervan ve Sefer Yolu (Bağdat Yolu)) kesiştiği bir yerde kurulan ilçemizin, bazı kaynaklardan tespit edilen adları şunlardır. Kakkabocome – Kakkabas – Hüsrev Paşa Hanı – Hanköy – Hüsrev Paşa Köyü – Yenihan (Çamlıbel – Kızılkilise) – Çifterlû (Çifteli) – Han Barcunlu, 1990 yılında çıkan ilçelik hakkındaki kanun ile de HAN olarak son şeklini almıştır.

İlçemizde ilk yerleşimler Hititler’e kadar dayanmaktadır. Erten Mahallesindeki Erten Höyük, Karaağaç Höyük, Kulapa Höyük (Bakır Çağından II. Bine kadar tarihlendirilir) ile Yazılıkaya’daki Midas Şehri’nin doğuya bakan yamaçlarındaki kayalara işlenmiş Hitit Rölyefleri, Hitit kalıntılarıdır. Bu nedenle ilçemizin Hititler döneminde yerleşim gördüğü kesin olarak söylenebilir. (MÖ 3500)

MÖ 1200 yıllarında Balkanlardan gelen Frigler, bilhassa bölgemizde bulunan Hitit egemenliğine son verirler. Friglerin başkentinin Gordion (Polatlı) olması bu bölgedeki etkinliklerini kuvvetli kılmıştır. Tarihçi Heredot’un üzümünden ve bağlarından övgü ile bahsettiği Yeşil Vadi, Sağlıklı Frigya (Phyrgia Salutaris) ilçemizin topraklarını da kapsamaktadır.

Friglerin kurdukları Galatia (Ankara), Gordion (Polatlı), Pessinus (Ballıhisar), Dorylaion (Eskişehir) ve Midas City (Yazılıkaya) gibi önemli yerleşim merkezlerinden Midas City ilçemizin sınırları içindedir. Burada en önemli kazıyı Fransız Gabriel yapmıştır. Bu araştırmalar MÖ VII. Yüzyıl sonrası bazı saldırılara uğrayarak doğu topraklarını kaybeden Friglerin MÖ VI. Yüzyıl başlarında bölgemizde ikinci altın devirlerini yaşadığını ortaya koymuştur. Daha çok kaya kabartma ve yazıcılığına önem veren Friglerin alfabesi henüz tam çözülememiş olup bu konuda bazı bilim çevrelerince çalışmalar devam etmektedir.

Friglerin egemenliğine son verenler Kimmerler’dir. Sonra da merkezleri Sard (Manisa) olan Lydialılar’ın egemenliklerini genişletmeleri üzerine bölgeye hakim oldukları görülmektedir. Fakat Frigler tarıma, Lydialılar ise ticarete önem verdiklerinden, Lydialılar ilçemizde yerleşim yeri kalıntısı bırakmamışlardır. Ancak ticaret yolu olarak yapılan Sard’dan Dorylaion’a uzanan “Kral Yolu” ilçemizden geçmiş olup, kalıntılarını görmek mümkündür.

Lydialılar’ın egemenliğine Persler’in son verdiği (MÖ 546) ve Makedonya Kralı Büyük İskender’in Anadolu’ya geçmesi (MÖ 334) ile Hellenizm İmparatorluğunun egemen olduğu bilinmektedir.

MÖ II. Yy’da bütün Hellenizm İmparatorluğu toprakları Roma İmparatorluğu’nun eline geçmiştir. MS 395 yılında Roma İmparatorluğunun ikiye bölünmesiyle İstanbul merkez olmak üzere oluşan Doğu Roma İmparatorluğu (Bizans) tüm Anadolu’nun hakimi olmuştur. (MS 395-1071)

Kral Yolundan başka İstanbul’dan Konya ve Kayseri’ye oradan Suriye ve Irak’a giden Kuzey-Güney ticaret ve sefer yolunun ilçemizden geçmesi ile ilçemizin önemi bu dönemde artmıştır. İlçe merkezi başta olmak üzere Yazılıkaya, Erten, Akhisar, Gökçeyayla, Başara, Karakuyu, Alevkilise, Üççeşmeler gibi daha birçok yerde Roma-Bizans döneminden kalma çok sayıda yerleşim yeri ve tarihi kültür varlığı kalıntısı mevcuttur.

Seyit Battal Gazi türbesinin komşu ilçe Seyitgazi’de olması Emeviler zamanında seferlerin ilçemize kadar ulaştığını göstermektedir.

Bu bölge orta Çağın ikinci yarısında Türk, Bizans ve Haçlı Ordularının geçiş ve savaş yeri olmuştur. Selçuklular’dan sonra Osmanlı Beyliği’nin kurulduğu bölge ilçemize yakın olup, ilçemiz topraklarının Osman Bey’in amcası Dündar Bey Vakfı’na ait topraklar arasında olduğu rivayet edilmektedir. Osmanlı döneminde ilçe topraklarında ilk yerleşimlerin nasıl ve nerelerde olduğu konusunda kaynaklarda bilgiye pek rastlanılmasa da, Bozüyük istikametinde kuzeybatıdan gelen sefer ve kervan yolunun şimdiki Han İlçesi merkezinden geçtiği öteden beri bilinmektedir. Evliya Çelebi bu yerin, Seyitgazi’den sonraki menzil olduğunu belirtmiştir. Türk devri sefer ve kervan yolunun öncüsü olan Bizans Yolu’nun da Han’dan geçtiği anlaşılmaktadır. Han’dan, Osmanlı Devrinde geçen İstanbul-Eskişehir-Konya-Adana yolu “Anadolu”, “Anadolu Orta Kolu” olarak adlandırılır.

IV.Murat döneminde Vezir-i Azam Hüsrev Paşa Bağdat Seferi’ne giderken, bölgenin önemini kavramış ve buraya bir kervansaray, cami, hamam ve çeşmeler yaptırmak amacıyla vakıf kurmuştur. Vakfiyesi mevcuttur. 27 Nisan 1631’de tanzim edilen bu vakfiyeden öğrenildiğine göre Karahisar-ı Sahib (Yani Afyon Karahisar) sancağında Barcunlu’da Ulukilise denilen yerdeki bu hayır eserlerini kurduran, halen Sadrazam olan “Saadetli ve mekremetlü” Hüsrev Paşa’dır. “Ayende ve revendenin” konaklaması için bir kervansaray, hamam ve camiden ibaret olan bu külliye için etraftaki köylerin çoğu vakfedilmiş ve gelirinin nasıl kullanılacağı tasrih edilmiştir.

Geçen yüzyıl içinde çizilen haritalarda Eskişehir’den güneye inen tek yol Kütahya – Afyon yoluna paralel olarak, Seyitgazi – Bardakçı – Hüsrevpaşa üzerinden geçerek Bayat’da Afyon Karahisar – Ankara yolu ile kesişmektedir. Böylece pek yakın tarihlere gelinceye kadar çalışan bu yol, yeni karayolları şebekesinin değişik esaslara göre kurulması ile kenarda kalmış ve unutulmuştur. Han da menzil yeri olarak önemini kaybetmiş ve bir ara köy statüsüne düşmüştür.

Kurtuluş Savaşı sırasında da ilçemiz ve yakın çevresinde oldukça yoğun askeri harekatlar cereyan etmiştir. Yunanlılar Kayı, Karaağaç ve Han’da karargah kurmuşlardır. Kayı ve Karaağaç’da yangınlar çıkarmalarına ve çeşitli zararlar vermelerine rağmen Han’da bir tahribat yapmamışlardır. Han’ın doğu kenarına yerleşerek sadece erzak temini amacıyla Hanlılarla temasta olmuşlardır. İlk gelişlerinde Hüsrev Paşa Camiini ateşe verdikleri, daha sonra camideki Bizans dönemi yapı taşlarını görünce yangını söndürdükleri rivayet edilir. Türk Orduları da çevremizde devamlı hareket halinde olmuşlardır. İskânkuyu, Gökçekuyu ve Mallıca’da karargahlar kurarak düşmanı devamlı takip halinde olmuşlardı.

Han, 1963 yılında Afyon’un Emirdağ İlçesi’nden ayrılarak Eskişehir’in Çifteler İlçesi’ne bağlanmıştır.

15 Mayıs 1967’de Kasaba olmuş ve Belediye Teşkilatı kurulmuştur.

20 Mayıs 1990 tarihinde çıkarılan 3644 sayılı Kanun ile ilçe statüsüne kavuşmuş, ilk etapta 10 köy bağlanmıştır.

Daha sonra Afyon’un İscehisar İlçesi’nden ayrılan Gökçeyayla Köyü’nün de bağlanmasıyla köy sayısı 11 olmuştur.

12 Kasım 2012’de 6360 Sayılı Kanun ile kabul edilen “Yeni Büyükşehir Yasası” gereği ilçemiz 15 mahalleden oluşmaktadır.